L'amministratore della rivista la imposta, dopo che il sistema è stato installato su un web server, lavorando su cinque fasi, compilando i moduli e configurando la rivista. Il setup non deve necessariamente essere completato tutto in una volta: le form possono essere compilate e salvate; poi il Journal Manager può ritornare al setup per completarlo o fare cambiamenti in qualsiasi momento.

Il Setup disponibile per il Journal Manager nella pagina di amministrazione e contiene un proprio insieme di testi-guida, in corrispondenza di ciasciun modulo. Impostare il sito web della rivsta richiederà decisioni e testi, che possono essere preparati in anticipo d'accordo con gli editor e aggiunti in un momento successivo.

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